Yahooからの注文が取り込まれない原因は以下が考えられます。

①　登録されたAPI証明書が無効になっている

有効期限がある内に、ストアクリエイターPro上で再度発行申請しておりませんでしょうか。
申請されてしまいますと、直後から有効だったAPI証明書が無効となってしまいます。
5営業日以内に新しいAPI証明書が新たにダウンロード出来るようになります。
ダウンロード後、改めてシッピーノ上へAPI証明書設定をお願いいたします。
1）新しいAPI証明書のダウンロードする
2）API証明書のシッピーノ再設定する

また、API証明書がダウンロード出来るまでは、12時間毎のシッピーノからのYahoo接続が必要となります。
以下マニュアルをご参照頂き、ご対応頂きますようお願いいたします。
1）API証明書を削除する
2）シッピーノからYahoo接続する

②　「Yahoo!と接続」が上手くいっていない

ストアクリエイターProログインでご利用のYahoo! Japan ID・パスワードで接続されておりますでしょうか。
また、Yahoo!ビジネスマネージャーに連携されているYahoo! Japan IDを変更されておりませんでしょうか。
Yahoo! Japan ID・パスワードの情報を今一度、よくご確認の上で接続をお試しください。
シッピーノからYahoo接続する

③　登録されたAPI証明書が有効期限切れになっている

新たにAPI証明書の申請が必要となります。
もしくは、ストアクリエイターPro上で新しいAPI証明書がダウンロード出来る状態になっている可能性もあります。
その際はダウンロード後、改めてシッピーノ上へAPI証明書設定をお願いいたします。

（API証明書申請が必要な場合）
1）API証明書を発行する
2）新しいAPI証明書のダウンロードする
3）API証明書のシッピーノ再設定する

（API証明書がダウンロード出来る場合）
1）新しいAPI証明書のダウンロードする
2）API証明書のシッピーノ再設定する

また、API証明書がお手元でダウンロード出来ない状態の場合は、
ダウンロード出来るまでの間、12時間毎のシッピーノからのYahoo接続が必要となります。
以下マニュアルをご参照頂き、ご対応頂きますようお願いいたします。
1）API証明書を削除する
2）シッピーノからYahoo接続する

④　注文日から30日以上経過している

シッピーノが取込対象とする期間は受注日から30日以内となります。
恐れ入りますが、自社出荷にてご対応をお願いいたします。